在SNP分型實驗中,選擇正確的技術平臺是成功的一半。面對琳瑯滿目的技術方法,為何我們最終聚焦于PCR-LDR和基于二代測序的Hi-SNP這兩大平臺,并為您提供專項服務?答案的核心在于:摒棄“萬能”的幻想,追求相應的匹配。
一、中低通量研究的利器:PCR-LDR SNP分型服務
核心原理:多重PCR擴增→連接酶區分SNP(探針僅匹配時連接)→毛細管電泳
適用場景:項目需要檢測的SNP位點較少,樣本量在幾十例。典型應用包括:藥物基因組學核心位點驗證、特定通路關鍵基因多態性篩查、臨床診斷標志物確認等。
翼和技術優勢:
準確性:自主知識產權的多重PCR為基礎,依靠DNA連接酶對堿基錯配的敏感性,使其LDR分型準確性遠超常規PCR方法,結果可靠,可用于發表高水平論文和臨床報告。
靈活性:可根據需求靈活設計引物,擴增目標片段,進行檢測。當您的研究焦點明確時,無需為整個基因組付費。單次操作可處理幾個到上百個樣本(全自動測序儀一般有8、16、48或96根毛細管,自動上樣);單次實驗可檢測多達20位點的基因型。
成本效益:對于中低通量項目,該平臺在試劑和設備上的投入遠低于高通量測序,為您節約寶貴的科研經費。
二、高通量研究的引擎:基于二代測序的Hi-SNP分型服務
核心原理:對捕獲區域進行深度測序,比對識別SNP
適用場景:項目規模宏大,需要檢測的SNP位點較多,樣本量大。典型應用包括:全基因組關聯分析、群體遺傳學研究、多基因風險評分模型構建等。
翼和技術優勢:
高通量:SNP位點30-500個之間,數百數千樣本推薦使用,一次實驗即可獲得海量數據,這是任何傳統技術都沒有的規模優勢。平均測序深度1000倍。
“一舉多得”的數據產出:不僅能夠對已知的SNP進行分型,還能對SNP位點以及周圍序列進行測序,在分析中發現新的、稀有的遺傳變異,極大拓展了研究的深度和廣度。
規模化下的低單點成本:當位點和樣本數量足夠大時,每個數據點的成本具備競爭力且保持高檢出率和高準確率。
三、為何我們專注于此雙平臺戰略?——對其他方法的專業取舍
我們之所以集中資源優化這兩個平臺,是基于對技術優劣和客戶需求的深刻理解。以下是我們不將其他方法作為主力服務平臺的核心理由:
等位基因特異性PCR:利用PCR引物3’末端的特異性。通量極低,假陽性率高,標準化難。因為實驗設計簡單、成本低,適合實驗室內部驗證個別位點,但難以實現多位點、多樣本的高效、標準化檢測,不適合作為商業化服務,一些低頻位點快速篩查可以使用。
PCR-RFLP:利用限制性內切酶對特定序列的切割能力。流程繁瑣,通量低,自動化程度低,假陽性率高。依賴酶切位點。需要凝膠電泳,步驟多、耗時長,易引入人為誤差,無法滿足現代科研對效率和規模的要求,只有在預算極其有限,且對靈敏度要求不高的情況下,可以作為最初步的、非結論性的篩查工具。
TaqMan探針法:基于PCR的熒光探針水解與熒光信號檢測。成本與通量的尷尬區,在性價比和靈活性上被LDR和Hi-SNP雙向“夾擊”。優勢是操作簡單、單樣本單點位快速檢測,但通量極低,無法同時檢測多點位。適用于單點位驗證。
基因芯片:將探針固定在芯片上,捕獲樣本DNA。靈活性差,信息量固定。芯片位點是預先設定的,無法自由改變。其檢測范圍限于已知變異,無法發現新位點。對于非標準定制需求,芯片成本高昂,通常需要專業公司服務。通常用于遺傳病篩查等方向,Hi-SNP則在通量和靈活性上全面超越。
總結
如果您的研究是“精準針對”:目標明確,SNP位點和樣本量較少,請選擇我們的PCR-LDR服務平臺,進行精準、可靠的驗證。它為您提供了最佳的成本控制、高準確性和快速的交付周期。
如果您的研究是“全景掃描”:需要在大規模群體中篩選海量的遺傳標記,或是探索未知,請選擇我們的Hi-SNP(NGS)服務平臺。它將為您打開一扇通往大數據研究的大門。
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