一、Zymo DNA甲基化檢測試劑盒核心原理:重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化
幾乎所有Zymo的DNA甲基化檢測試劑盒都基于同一個(gè)金標(biāo)準(zhǔn)技術(shù):重亞硫酸鹽處理。
原理:在重亞硫酸鹽作用下,DNA中未甲基化的胞嘧啶 會(huì)被脫氨基并轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而在PCR過程中尿嘧啶會(huì)被當(dāng)作胸腺嘧啶進(jìn)行擴(kuò)增。
而甲基化的胞嘧啶 則不受影響,保持不變。
結(jié)果:經(jīng)過處理后的DNA,通過測序或特異性PCR等方法進(jìn)行分析,原本甲基化(CmC)和未甲基化(C→U→T)的位點(diǎn)就會(huì)產(chǎn)生序列差異,從而被精準(zhǔn)地檢測出來。

二、 主要的Zymo DNA甲基化試劑盒系列
Zymo提供了多種試劑盒以滿足不同的實(shí)驗(yàn)需求,其中zui經(jīng)典和常用的是 EZ系列。
1. EZ DNA Methylation系列 - 用于DNA的重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化
這是最基礎(chǔ)也是最核心的系列,目的是將基因組DNA轉(zhuǎn)化為可用于下游分析的DNA。
EZ DNA Methylation-Lightning Kit
特點(diǎn):速度最快。將傳統(tǒng)的重亞硫酸鹽處理時(shí)間從數(shù)小時(shí)(如16-18小時(shí))大幅縮短到約90分鐘。
優(yōu)勢:極大減少了DNA在高溫處理過程中的降解,特別適用于微量DNA和FFPE樣本。
下游應(yīng)用:全基因組甲基化測序、焦磷酸測序、甲基化特異性PCR等。
EZ DNA Methylation-Direct Kit
特點(diǎn):無需事先提取DNA,可以直接從細(xì)胞、血液、組織甚至FFPE樣本中進(jìn)行重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化。
優(yōu)勢:簡化了流程,減少了DNA損失,非常適合珍貴樣本或高通量篩查。
EZ DNA Methylation-Gold Kit
特點(diǎn):Zymo的經(jīng)典產(chǎn)品,使用經(jīng)過優(yōu)化的傳統(tǒng)重亞硫酸鹽處理方法,轉(zhuǎn)化效率和DNA回收率都非常高。
優(yōu)勢:性能穩(wěn)定可靠,是經(jīng)過大量文獻(xiàn)驗(yàn)證的“金標(biāo)準(zhǔn)"之一。
EZ-96 DNA Methylation Kit
特點(diǎn):基于96孔板格式的試劑盒,專為高通量樣本設(shè)計(jì)。
優(yōu)勢:適合自動(dòng)化工作站,可以實(shí)現(xiàn)大批量樣本的并行處理,保證批次間一致性。
2. MagaZyme系列 - 基于磁珠的快速純化
MagaZyme DNA Methylation Kit
特點(diǎn):利用磁珠技術(shù)進(jìn)行純化,進(jìn)一步加快了洗滌和純化步驟。
優(yōu)勢:操作非常迅速和簡便,無離心步驟,易于實(shí)現(xiàn)自動(dòng)化和規(guī)模化。
3. 下游分析專用試劑盒
Zymo還提供將重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化與下游分析技術(shù)整合的“一體化"試劑盒。
MethylEdge試劑盒:為下一代測序文庫構(gòu)建而優(yōu)化。
MethylLight & MethylPyrom序列試劑盒:為特定的實(shí)時(shí)熒光定量PCR和焦磷酸測序平臺(tái)優(yōu)化。
三、 Zymo試劑盒的通用工作流程(以EZ Lightning Kit為例)
1. DNA準(zhǔn)備:獲取純化的DNA(或直接使用細(xì)胞/組織)。
2. 重亞硫酸鹽轉(zhuǎn)化:將DNA與重亞硫酸鹽反應(yīng)混合,在特定的熱循環(huán)程序(如98°C變性,54°C轉(zhuǎn)化)下進(jìn)行約90分鐘的反應(yīng)。
3. 純化結(jié)合:將反應(yīng)液轉(zhuǎn)移到提供的旋轉(zhuǎn)柱上,在結(jié)合緩沖液作用下,轉(zhuǎn)化后的DNA被特異性地吸附到柱膜上。
4. 脫硫反應(yīng):這是一個(gè)關(guān)鍵步驟,柱上的DNA經(jīng)過特殊的“Desulphonation Buffer"處理,以去除由重亞硫酸鹽反應(yīng)引起的副產(chǎn)物,確保下游應(yīng)用的兼容性。
5. 洗滌:用洗滌液清洗柱子,去除雜質(zhì)。
6. 洗脫:用低鹽緩沖液或水將純凈的、轉(zhuǎn)化后的DNA從柱子上洗脫下來。
7. 下游分析:獲得的DNA即可用于:
焦磷酸測序
全基因組甲基化測序
簡化代表性亞硫酸氫鹽測序
甲基化特異性PCR/定量PCR
四、Zymo DNA甲基化檢測試劑盒主要優(yōu)勢總結(jié)
1. 高效率與高回收率:zhuanli的柱純化技術(shù)能有效回收轉(zhuǎn)化后的DNA,即使是微量的起始材料也能獲得理想結(jié)果。
2. zuo越的轉(zhuǎn)化效率:>99%的轉(zhuǎn)化率,確保數(shù)據(jù)的準(zhǔn)確性,避免假陽性或假陰性。
3. 快速省時(shí):特別是Lightning系列,極大地縮短了實(shí)驗(yàn)周期。
4. 操作簡便:所有步驟(轉(zhuǎn)化、脫硫、純化)在一個(gè)試管和柱子中完成,流程標(biāo)準(zhǔn)化。
5. 靈活性與高通量兼容:提供從單個(gè)樣本到96孔板的不同規(guī)格,滿足各種通量需求。
6. 廣泛的樣本兼容性:適用于血液、細(xì)胞、組織、FFPE樣本、體液等多種來源的DNA。
五、如何選擇Zymo 甲基化檢測試劑盒?
追求速度,樣本易降解:選 Lightning Kit。
處理大量FFPE或珍貴樣本,想省去DNA提取步驟:選 Direct Kit。
需要處理96個(gè)或更多樣本,追求高通量和一致性:選 EZ-96 Kit。
習(xí)慣傳統(tǒng)可靠方法,樣本量充足:選 Gold Kit。
實(shí)驗(yàn)室有磁力架,希望流程更快捷:選 MagaZyme Kit。
總之,Zymo DNA甲基化試劑盒是表觀遺傳學(xué)研究中一個(gè)非常強(qiáng)大和可信賴的工具平臺(tái)。在選擇時(shí),請(qǐng)根據(jù)您的樣本類型、通量需求和對(duì)時(shí)間的要求來選擇最合適的型號(hào)。
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